中世や江戸期には「結崎宮」や「春日神社」と呼ばれていたが、延喜式に記載されている糸井神社と断定されたことから、糸井神社となりました。 本殿には春日大社から移建したとされ、江戸時代中期を降らない遺構とされています。 また、神社内の拝殿には数多くの絵馬がかざられており、「いさみ踊り」や「なもで踊り」の絵馬（奈良県文化財指定）は当時の様子がよく描かれています。
